Virus X, séquencez-les tous

Si on parle beaucoup de biodiversité et de son effondrement depuis le rapport d’experts internationaux publié lundi, il y a une biodiversité qui est généralement oubliée, en dehors des radars : c’est celle des micro-organismes. Et pourtant, les virus à eux seuls représentent la majeure partie de la biomasse des océans. On en trouve dans des endroits aux conditions extrêmes de chaleur et de pression : c’est pour mieux connaître ces écosystèmes et la diversité des virus qui s’y trouvent qu’a été lancé en 2015 le programme Virus X, un programme européen qui a pour ambition, grâce à la métagénomique, d’identifier et de cartographier la diversité de ces virus inconnus d’écosystèmes extrêmes.

Virus X, séquencez-les tous ! C’est le programme biotechnologique qui est le nôtre pour l’heure qui vient, bienvenue dans la Méthode scientifique.

Et pour évoquer ce programme, Virus X, mais plus généralement les nouvelles techniques de séquençage, la métagénomique et la connaissance globale qu’elle nous apporte sur les populations de virus, nous avons le plaisir de recevoir François ENAULT, maître de conférences et chercheur sur les virus environnementaux par analyse des métagénomes à l’Université de Clermont-Auvergne, et impliqué dans le projet Virus X, et Marie-Agnès PETIT, directrice de recherche INRA dans une équipe qui travaille sur les virus bactériens dans les écosystèmes.

Le reportage du jour

Rencontre avec Romain Koszul, responsable de l'équipe Régulation spatiale des génomes à l'Institut Pasteur. Avec ses collègues, il a développé une nouvelle méthode de métagénomique tridimensionnelle qui exploite les contacts physiques entre molécules d'ADN dans un mélange d'espèces pour identifier les interactions entre génomes de bactéries et de virus. Par Matthieu Lefrançois :

Repères

Les virus sont des parasites obligatoires qui peuvent infecter tous les organismes : les Eucaryotes, les Bactéries, les Archées, et même certains virus. Ils sont un vecteur très important de l’évolution.

La biodiversité virale est immense : on connaît actuellement 200 000 populations virales océaniques mais les chercheurs estiment qu’il en reste autant sinon plus à découvrir. 

La métagénomique est l’étude de l’ensemble des génomes d’un écosystème donné. Elle permet de mieux comprendre les relations entre les différentes populations microbiennes. 

Le projet Virus-X a pour objectif de découvrir de nouvelles populations virales dans les environnements extrêmes. Par utilisation de la métagénomique et de la bio-informatique, les chercheurs espèrent améliorer nos connaissances des écosystèmes microbiens et découvrir de nouvelles enzymes utiles pour les biotechnologies.

Pour en savoir plus

Retrouvez aussi tous les compléments d'informations sur le fil Twitter de La Méthode scientifique

• [Interview] Arnthor Ævarsson, coordinateur du projet Virus-X - Les virus à la source (La Recherche, 2018)
• L’océan Arctique, berceau de la biodiversité virale (CNRS, 2019)
• La cellule virale, rouage de la vie (Pour la science, 2016)
• De l'ADN viral piégé dans notre génome (Muséum de Toulouse, 2013)

Les références musicales

Le titre du jour : "Virus" par Deltron 3030

Le générique de début : "Music to watch space girls by", par Leonard Nimoy

Le générique de fin : "Says" par Nils Frahm