Un an après, est-il possible que le SARS-CoV-2 soit sorti d'un laboratoire ?

Plus d'un an après les débuts de cette pandémie, l'origine du SARS-CoV-2 n'a toujours pas été établie scientifiquement. La thèse d'un accident de laboratoire, renforcée par la présence d'un important Institut de virologie à Wuhan, est reconsidérée par certains scientifiques comme étant une hypothèse à creuser.

Mais pourquoi cette hypothèse qui semblait très peu probable il y a un an, est toujours envisagée par certains aujourd'hui ?

Pour faire le point sur ce que l'on sait des possibles origines du SARS-CoV-2, le virologue spécialiste du VIH et chercheur au CNRS de l'université d'Aix-Marseille, Étienne Decroly, répond aux questions de Nicolas Martin.

Le SARS-CoV-2 est-il issu d'un laboratoire ?

Étienne Decroly : "Malheureusement, on ne peut pas répondre à cette question. En tout cas sur la base des indices scientifiques actuellement disponibles. Dans ce contexte-là, ça a comme conséquence qu'il y a plusieurs hypothèses qui sont sur la table. Et les hypothèses, elles vont des hypothèses qu'on appelle la zonoose, c'est-à-dire que ce serait un virus qui existe dans les populations animales, les chauves-souris, qui serait passé à l'espèce humaine par ce qu'on appelle un hôte intermédiaire, c'est-à-dire un animal qui est au contact des populations humaines et qui a été infecté par le virus de chauve-souris. Jusqu'à des hypothèses qui ont longtemps été considérées comme plus complotistes et qui sont des hypothèses d'accident de laboratoire. Ces hypothèses sont basées sur le fait que dans la ville où a émergé le SARS-CoV-2, il y a les plus gros laboratoires de virologie du monde travaillant sur les coronavirus. Et l'objectif de ces laboratoires est justement de comprendre comment ces virus sont capables de franchir la barrière d'espèces, donc de passer justement de leur réservoir naturel, qui sont des chauves-souris jusque dans l'espèce humaine. Comme cela a déjà été le cas pour différents coronavirus qui sont devenus infectieux chez l'homme."

Pourquoi l'hypothèse d'un accident de laboratoire est-elle devenue plus crédible ?

Étienne Decroly : "Ce qu'il faut savoir, c'est que c'est un enjeu majeur d'essayer de comprendre comment ces virus sont capables d'atteindre les populations humaines, donc la recherche a été menée entre autres par une commission conjointe entre l’OMS et la Chine. Et cette mission conjointe a échantillonné massivement les espèces animales de manière à essayer de trouver les preuves d'une transmission qu'on appelle zoonotique. Donc ils cherchaient à trouver cette espèce, l'hôte intermédiaire, qui a permis au coronavirus d'entrer dans les populations humaines. Pour cela ils ont échantillonné 80 000 échantillons, et malheureusement, dans ces 80 000 échantillons, aucun n'a comporté de trace d'un virus que l'on pourrait appeler le progéniteur, donc le parent direct du SARS-CoV-2. Et donc, ce résultat est assez important parce qu'on s'attendait qu'avec des échantillonnages aussi importants, on découvre l'origine du coronavirus. Dans ce contexte, évidemment, il faut reconsidérer les autres hypothèses et voir si éventuellement des hypothèses, qui étaient très improbables ou considérées comme très improbables au début de la pandémie, ne doivent pas être réévaluées avec plus d'attention."

Y-a-t-il des éléments concrets qui accréditent cette hypothèse ?

Étienne Decroly : "Des éléments concrets et factuels ? Non, il n'y a pas vraiment d'éléments concrets et factuels, mis à part le fait qu'on sait justement que les travaux qui étaient menés par l'Institut de virologie de Wuhan consistaient à collecter dans des grottes du sud de la Chine, des coronavirus, de la famille des Sars coronavirus. De manière à séquencer ces virus, d'une part, mais éventuellement, et c'est très difficile d'arriver à le faire, d’arriver à avoir des virus qui se répliquaient en cellule, pour pouvoir comprendre comment ces virus sont capables d'infecter à la fois des cellules de chauve-souris et éventuellement des cellules humaines. En comprenant ce mécanisme, ce qu'on espère, c’est pouvoir mettre en place des mécanismes pour surveiller ces virus et éviter justement le transfert des chauves-souris jusqu'à l'homme."

Des thèses de chercheurs à Wuhan ont fuité sur internet. Contiennent-elles des révélations ?

Étienne Decroly : "Dans ces travaux, ce qu'on observe ou ce que l'on peut voir, c'est qu' il y a plusieurs virus qui sont des cousins, probablement du Sars coronavirus, pas des parents directs, qui ont été séquencés et dont les séquences sont connues par les virologues chinois. Mais pour autant, les séquences ne sont aujourd'hui pas disponibles pour la communauté internationale. Et évidemment, ce type de conduite a comme conséquence qu'il y a une suspicion d'avoir des éléments qui sont cachés. Mais une suspicion n'est absolument pas une preuve que c'est bien un virus qui serait originaire de l'Institut de virologie de Wuhan."

Le RaTG13, proche du coronavirus, circulait déjà il y a 10 ans... est-ce une nouvelle piste ? 

Étienne Decroly : "L'histoire de ce virus est extrêmement intéressante parce que c'est le virus le plus proche que l'on connaisse actuellement du SARS-CoV-2. On pourrait se dire que, parce qu'il est très proche, c'est le parent direct, mais les scientifiques qui ont l'habitude de faire des études moléculaires sur les virus sont capables de dire que finalement ce virus n'est pas un parent direct, mais un cousin plutôt éloigné. Et donc ce qu'on sait, en tout cas, c'est que quand ce virus a été séquencé et publié par l'Institut virologie de Wuhan, il n'a pas été expliqué pour quelles raisons ce virus avait été collecté, quand il avait été collecté et où il avait été collecté. Et de nouveau, des recherches faites par des personnes indépendantes, notamment sur Internet, ont permis de mettre en évidence que ce virus avait été collecté dans une mine, à environ à 1 500 km au sud de Wuhan et que la collecte de ce virus avait fait suite à une mini épidémie. Six personnes avaient été malades d'une infection qui ressemble furieusement à une infection à coronavirus, et trois sont décédées de la maladie. Et donc, évidemment, suite à ça, l'Institut de virologie de Wuhan s'est mis à collecter de manière importante les virus dans cette mine du Yunnan. On peut supposer qu'il y a d'autres virus dans cette mine ou dans la région proche de cette mine qui pourraient être plus proches encore et qui pourraient être les parents directs du Sars coronavirus qu'on connaît aujourd'hui. C'est ce qu'on appelle les progéniteurs et c'est pour cela qu'il est important qu'on ait ces informations parce que ça nous permettrait de documenter et de comprendre comment ces virus de chauves-souris ont été capables, éventuellement à un moment, de passer d'espèces animales à l'espèce humaine. 

Donc il n'y a pas de preuve mais il y a de nouveaux doutes ?

Étienne Decroly : "Voilà, il y a quelques doutes nouveaux. Il y a des doutes qui sont liés à des analyses qui sont faites par des hyper-spécialistes. Mais tous ces doutes ne sont que l'objet d'hypothèses, de questions, de controverses scientifiques. Aujourd'hui, il n'y a pas d'accord dans la communauté scientifique sur l'une ou l'autre des thèses et on a besoin davantage d'éléments pour pouvoir démontrer soit que le virus est passé directement d'une espèce animale à l'homme, soit qu'il est passé par l'intermédiaire d'un laboratoire avant de pouvoir rentrer dans l'espèce humaine. Évidemment, il est très important de comprendre quel est le chemin qu'a pris ce virus entre l'espèce humaine qu'il colonise naturellement, les chauves-souris, et l'homme parce que les mesures de prévention que l'on va prendre vont être radicalement différentes.

Quel pourrait être le "smoking gun", la preuve irréfutable, de l'une ou l'autre des hypothèses ?

Étienne Decroly : "Le "smoking gun" forcément va être basé sur la collecte d'échantillons et l'identification de séquences qui permettront de démontrer soit qu'effectivement ce virus existe dans une espèce animale qui n'a pas été identifiée à ce jour et qui a ce qu'on appelle "l'ancêtre proximal", le parent direct du virus. Soit d'avoir des éléments probants qui démontrent que dans le laboratoire de virologie de Wuhan, ils ont collecté ce virus précédemment et qu'ils travaillaient dessus et que c'est ce virus là qui a donné naissance à l'épidémie telle qu'on la connaît aujourd'hui."

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