Covid-19 : ce que montrent les dernières analyses des eaux usées par le réseau Obépine

Ces dernières semaines, tout le monde observe sans parler trop vite, sans parler trop fort. L'épidémie est-elle sur une mauvaise pente ? La situation est-elle hors de contrôle ou reste-t-elle maîtrisée ? Faut-il s'inquiéter, prendre de nouvelles mesures restrictives ? Lundi, le préfet des Alpes-Maritimes a annoncé une série de mesures, dont un reconfinement local cantonné aux deux prochains week-ends dans les communes du littoral du département (les plus peuplées) face à la propagation de la Covid-19 dans le département. Mais qu'en est-il, aujourd'hui, de la propagation du coronavirus en France ?

Si la situation épidémique paraît parfois compliquée à interpréter actuellement, les pouvoirs publics ont, pour y voir plus clair, intégré depuis quelques mois les données du réseau Obépine, qui recherche les traces du virus dans les eaux usées. Elles permettent, en général, d'observer la progression de l'épidémie avec quelques jours d'avance sur le taux d'incidence, calculé sur la base des tests virologiques effectués par les laboratoires. 

Un indicateur créé dès le printemps, qui permet d'anticiper plus ou moins l'arrivée d'une vague et la hausse des autres chiffres clés (comme le taux d'incidence), qui a sans doute pesé dans la décision de ne pas reconfiner début février, mais autour duquel des questions se posent quant à la prise en compte des variants. 

Circulation toujours active du virus

Sur la table du prochain conseil de défense sanitaire, qui pourrait se tenir mercredi, l'exécutif trouvera donc sans doute le dernier rapport du réseau Obépine, missionné depuis juillet par le ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche pour coordonner ce réseau de surveillance. Les dernières données, fournies par Obépine à France Inter, confirment la diversité des situations selon les villes et grandes métropoles. "On voit des endroits avec une circulation stationnaire et d'autres où la circulation est très forte", confirme Yvon Maday, professeur à Sorbonne-Université en mathématiques appliquées, membre du réseau. Même si, de façon générale, "le niveau de circulation reste globalement assez haut".

C'est ce que montrent ces différentes courbes fournies qui traduisent, ville par ville, l'indicateur de quantité de génomes viraux dans les eaux usées. Il fonctionne "comme une échelle de Richter", sur la base d'un niveau 100 qui correspond à celui constaté pendant la première vague. D'ailleurs, lorsqu'un passage de 50 à 100 est observé, cela "ne signifie pas un doublement de la population infectée", précise le scientifique. L'obtention d'une telle information demande un travail de recherche qui n'est pas encore aboutit. Même si, de fait, cela signifie une augmentation de la concentration du virus et donc du nombre de personnes infectées.   

• À Paris, situation plutôt stable

Ce graphique, qui représente les quatre stations parisiennes sur les six stations d'Île-de-France permet d'observer cette "certaine stabilité", souligne Yvon Maday. En effet, selon l'échelle du réseau Obépine, le niveau de circulation du virus est élevé depuis le début de l'automne et a connu un pic fin octobre, juste avant la seconde vague (entre 120 et 140), mais sans nouveau sursaut depuis. 

Les dernières données tournent plutôt entre 100 et 110. C'est sans doute grâce à ce constat que l'Île-de-France a pu échapper à un éventuel reconfinement ces dernières semaines. 

• Explosion à Marseille et à Nice

Sur le reste du pays, Yvon Maday rappelle que les villes sont très nombreuses à être "au-dessus de la moyenne". Globalement, toutes celles observées dépassent le seuil symbolique de 100. Ces dernières semaines, Nice et Marseille sont même "à des niveaux très, très haut", au-delà de 150.  

À Lille, "où le niveau était encore très bas début janvier", à un degré de circulation moyen, la situation semble s'être emballée depuis. Enfin, plutôt épargnées, Nantes et Dijon, qui restent dans des valeurs élevées mais plus raisonnables.  

Si le ministère reçoit régulièrement les données du réseau Obépine, les collectivités locales bénéficient aussi d'un bulletin hebdomadaire sur les relevés effectués dans leurs différentes stations locales. 

Des doutes face aux variants

Mais désormais, c'est la question des variants qui est cruciale pour les chercheurs du réseau Obépine. Si leur indicateur est "précurseur", il reste un outil "dans le cadre de la recherche", en constante amélioration. Et notamment sur ce point. Les analyses permettent-elles de détecter les différentes souches mutantes qui se propagent en ce moment en France, le variant dit anglais, principalement, et les variants sud-africain et brésilien ? Pour l'instant, pas précisément. 

"Pour avoir une carte d'identité détaillée de virus, il faut avoir un génome entier", précise Yvon Maday. Or, "dans ce qui nous arrive, et heureusement pour le personnel qui y travaille, il y a très peu de génome entier, le virus et essentiellement non virulent quand il atteint les stations". Toutefois, les analyses sont capables d'identifier si certaines mutations, caractéristiques des variants, sont présentes, sans pouvoir affirmer qu'il s'agisse du virus muté. 

"Ce qu'on est capable de voir, c'est que, par endroits, depuis janvier, certaines mutations sont en train d'augmenter. De 5 à 40 %. Ça veut dire que le gène (ou les gènes) qui ont cette mutation prennent le pas. Est-ce le variant anglais ? Là, c'est aux autres indicateurs de nous le dire."  

Toutefois, dans les eaux usées, le virus ne remonte que pour "un malade sur deux" , qu'il soit symptomatique ou asymptomatique, note Yvon Maday. Si des traces sont retrouvées dans les stations d'épuration, c'est parce que le Sars-Cov-2 attaque "de façon entérique" et se retrouve dans les selles. Et si un variant, peu importe lequel, ne se retrouve pas dans l'intestin, on ne saura plus rien ni de sa présence dans les eaux usées, ni de sa propagation.