Covid-19 : des indicateurs toujours en hausse, le couvre-feu insuffisant, selon Santé publique France

La situation sanitaire est très préoccupante, selon l e rapport publié par Santé publique France ce vendredi 29 janvier. En dépit du couvre-feu, tous les indicateurs augmentent par rapport à la semaine dernière : +9% de nouveaux cas positifs à la Covid-19, +16% d'hospitalisations et + 20% en réanimation alors que l'occupation des lits est déjà à un niveau élevé. 

Le nombre de cas confirmés est de 141 238 , en hausse alors que le nombre de dépistages est resté stable. L'incidence se stabilise chez les personnes de plus de 75 ans mais celles-ci restent les plus touchées. Quant aux décès, leur nombre reste élevé. Du 1er mars 2020 au 26 janvier, le nouveau coronavirus a fait plus de 74 000 morts en France. Santé Publique France ne s'explique pas la forte progression d'entrées à l'hôpital. 

Impact limité du couvre-feu

Le couvre feu a dans un premier temps eu un impact sur les 15 premiers départements où il avait été décrété le 2 janvier. Mais après deux semaines, la tendance s’est inversée. L'impact a donc été modeste et temporaire, concluent les épidémiologistes de l'agence.

Ce qui inquiète, c'est le variant anglais, plus contagieux. Le suivi s'est organisé pour avoir une cartographie régulièrement mise à jour. Actuellement, trois centres publics, celui de Lyon et de Paris du CNR (centre national de référence) ainsi que le laboratoire de virologie de l'hôpital Henri-Mondor vérifient tous les tests PCR positifs par criblage ou séquençage, soutenus par 135 laboratoires privés de ville qui disposent de plateforme de séquençage haut débit. 

À ce stade, et sans inclure l'impact du variant anglais, le R effectif – le taux de reproduction du virus – est de 1,1. Cela signifie que l'épidémie est en croissance exponentielle. Le nombre de cas positifs double tous les 40 à 50 jours. Si le variant devenait prédominant, le nombre de cas pourrait doubler toutes les semaines. 

La traque du variant anglais s'organise

Certes le variant anglais est pour le moment loin d'être majoritaire, mais il s'installe chaque jour un peu plus. Présent dans toutes les régions, il représentait, selon l'enquête flash réalisée le 7 et 8 janvier, 3,3% des cas positifs selon Santé Publique France.  L'agence note une forte hétérogénéité sur le territoire : 0,2% en Bourgogne-Franche-Comté contre 6,9% en Ile-de-France. 

Une seconde enquête flash réalisée mercredi devrait fournir ses premiers résultats en début de semaine prochaine. Sur la base de remontées de données des laboratoires privés, la circulation du variant anglais serait au dessus de 10%. Il faudra attendre le séquençage pour avoir une confirmation. 

Depuis dimanche, un nouveau test de RT PCR permet de cribler les 3 variants (UK, sud africain et brésilien). La collaboration "est excellente" entre les biologistes privés et les laboratoires publics, selon Bruno Coignard, de Santé Publique France. 

Concernant l'éventuelle émergence d'un variant marseillais, détecté à l'Institut hospitalo-universitaire Méditerranée, SPF dit en avoir entendu parler mais ne pas savoir s'il présentait des mutations d'intérêt. Le SARS-CoV-2 mute régulièrement comme tous les virus. Seules certaines mutations méritent d'être surveillées suivant qu'elles impactent la transmissibilité ou la résistance aux traitements et vaccins.