En pleine vague Omicron, la surveillance du virus dans les eaux usées va-t-elle être interrompue ?

C'est un outil de suivi de l'épidémie de Covid qui a fait ses preuves. En mars 2020, des chercheurs français ont lancé un réseau d'analyse dans les égouts, baptisé Obépine, qui traque les traces du virus dans les eaux usées de près de 200 stations d'épuration, soit 40 % de la population. 

Ce dispositif, qui s'est étoffé avec le temps, réunit plusieurs laboratoires, mais aussi des collectivités et d’autres acteurs comme les marins-pompiers de Marseille. L'indicateur permet de suivre et d'anticiper l'évolution de l'épidémie. Sauf que ce réseau arrête ses activités le 31 janvier prochain. Le nouveau dispositif officiel, piloté par le ministère de la Santé et censé prendre le relais, n'est pas prêt.

L'épidémiologie des eaux usées : une discipline récente encouragée par l'Europe

En mars 2021, la Commission européenne a recommandé aux États membres de l'Union de mettre en place un système de surveillance national des eaux usées. 

Dans ce contexte, l’État français a décidé de remplacer le réseau Obépine par un dispositif plus institutionnel pour coordonner et mutualiser la traque du virus dans les égouts. Ce système national de détection du virus dans les eaux usées, baptisé Sum’eau, est confié notamment à la Direction Générale de la Santé, avec le soutien de Santé Publique France. Un laboratoire de l’Agence nationale de sécurité sanitaire et de l’environnement (l’Anses), basé à Nancy vient d'être désigné comme unité de référence. 

Toutefois, le nouveau réseau national n’est pas encore prêt. Fin octobre, l’Académie de médecine alertait déjà sur le retard dans la mise en place de Sum'Eau qui "s’avère pourtant être un très bon indicateur du risque de résurgence localisée de l’épidémie au niveau du territoire", selon la société savante. 

Le réseau Obépine arrête ses activités de surveillance le 31 janvier 2022

Compte-tenu de ce retard, le réseau Obépine a bénéficié d’une rallonge budgétaire du ministère de la Santé pour poursuivre ses activités jusqu'au 31 janvier 2022. Toutefois, l'échéance approche et la structure censée prendre le relais n'est toujours pas opérationnelle. 

"Le dispositif Sum'eau, d'après ce qu'on entend dire officieusement, ne pourrait être lancé que durant l'été 2022", alerte le co-fondateur du réseau Obépine Vincent Maréchal, professeur de virologie à Sorbonne Université.

La question qui se pose, c'est de savoir comment va s'exercer la surveillance du virus dans les eaux usées entre la fin de notre activité le 31 janvier 2022 et la mise en place de Sum'Eau ? 

"Là, on n'a pas de réponse" poursuit Vincent Maréchal. Il craint une interruption de la surveillance des eaux usées de plusieurs mois en pleine vague Omicron. "On peut toujours se dire qu'on va faire un truc génial dans un an, sauf qu'il se trouve qu'Omicron est là dans nos eaux usées depuis quelques semaines", ajoute-t-il. 

Débrancher les chercheurs en ce moment ce n'est pas une bonne idée.

Le  réseau Obépine demande à l’État de prolonger son financement au-delà du 31 janvier pour poursuivre la surveillance du virus dans les eaux usées, en attendant que le nouveau système Sum'Eau puisse prendre le relais.