Le variant britannique du Sars-Cov-2 sera bientôt prédominant en France, mais quand ?

Un premier cas du variant britannique a été trouvé en France le jour de Noël. Depuis, une vingtaine d'autres ont été signalés (dont deux clusters dits "à risque", en Bretagne et dans les Hauts-de-Seine, ont annoncé les autorités jeudi), et le gouvernement dit vouloir intensifier les recherches mais les spécialistes le savent : ces quelques cas identifiés ne sont qu'une partie infime de l'iceberg. 

Il est évident, disent-ils, compte tenu de notre proximité géographique avec la Grande-Bretagne et des échanges nombreux que nous avons avec ce pays, que le variant circule déjà en France à un certain niveau. Comme il est plus contagieux que son prédécesseur, 50 à 70% plus transmissible, d'après de premières études britanniques, il va se répandre plus vite et finira par être la souche la plus fréquente sur le sol français. Depuis début décembre, les chiffres repartent à la hausse en France. Dans ce contexte, l'émergence du variant est une très mauvaise nouvelle car il va accélérer le processus de façon exponentielle.

Quand ce variant va-t-il être dominant et quelles conséquences cela va-t-il avoir sur l'évolution épidémique ? Nous avons interrogé sur ces points le professeur Renaud Piarroux, spécialiste en maladies infectieuses à l'AP-HP (Assistance Publique-Hôpitaux de Paris).

FRANCE INTER : Sait-on aujourd'hui à quel niveau ce variant circule en France ?

RENAUD PIARROUX : "Non, justement, c'est bien le problème. On ne sait pas où on en est car ce variant est difficile à détecter. La plupart des tests PCR ne font pas le distinguo : quand le résultat est positif on ne sait pas s'il s'agit du variant ou pas, et sur certains tests, le variant donne même parfois des résultats négatifs. Par ailleurs, vous le savez, on fait trop peu de séquençage en France, on ne peut pas séquencer tous les cas positifs qu'on trouve !"

C'est vrai que les Anglais séquencent davantage que nous...

"Oui, et les Anglais font aussi des double-PCR. Ils utilisent une PCR sensible au variant et une autre qui ne l'est pas. C'est comme ça aussi qu'ils trouvent. Nous on ne fait qu'un test. Un labo de ville, par exemple, envoie les tests à une plateforme. La plateforme n'a qu'une technologie, elle n'utilise qu'un type de test PCR. Cela couterait trop cher d'en faire deux. Mais de fait, si l'on veut mieux identifier le variant, il faudrait, dans l'idéal, revoir tout le circuit du diagnostic. Quant aux tests anti-géniques, ils n'ont aucune capacité à faire la différence entre le variant et le non variant. La seule solution, ce serait donc de faire soit plusieurs tests PCR, soit des séquençages systématiques. Si on ne fait pas de séquençage, on ne sait pas où on est. Donc voilà où nous en sommes : on sait très bien que le variant est en France, mais que représente-t-il ? 1 cas pour 100, 1 cas pour 1 000 ? Cette différence là, dans la dynamique de croissance, elle est très importante." 

À quelle vitesse se reproduit ce virus, qui est plus contagieux ? Ça peut aller vite ?

"Oui, d'autant que la circulation du virus est en train de remonter en France. Si le taux de reproduction est de 1,3 chez nous, c'est à dire qu'une personne contaminée en infecte 1,3 autour d'elle. Avec le variant, qui est à 60% plus contagieux, le taux de reproduction grimpe à 2 et un R0 à 2, ça va très vite ! Une personne en contamine deux, qui en contaminent chacune deux, ce qui fait quatre, etc. Là, c'est clairement exponentiel et rapide. Ça monte très vite. C'est ce qui se passe en ce moment en Grande-Bretagne. Je regarde aussi ce qui se passe au Danemark, un pays qui fait beaucoup de séquençages. En semaine 51, 1 % des cas étaient dus au variant, en semaine 52, la dernière de lannée, c'était 2,5%. Je ne sais pas où ils en sont pour la première semaine de janvier, mais vous voyez que ça va vite."

Dans ce contexte, il sera dominant quand, ce variant, chez nous ?

"Sans connaître le point de départ, c'est difficile de faire une estimation. Ce ne sera pas en janvier, c'est sûr, mais après, ça peut prendre quelques semaines à quelques mois. Ce qui est logique, probable, et même attendu, c'est qu'étant plus contagieux, il va finir par prendre le dessus. Mais je ne peux pas être précis avec les données dont je dispose." 

Et l'efficacité du vaccin sur ce variant, c'est une inquiétude ?

"Le vaccin n'a pas été testé formellement sur le variant, donc on ne sait pas, mais certains éléments rendent malgré tout optimiste : en Grande Bretagne, on n'a pas vu de patients déjà infectés par le passé être réinfectés avec le variant, c'est plutôt bon signe. En gros, il n'y a pas de deuxième vague de réinfections avec le variant. On peut donc imaginer que le vaccin fonctionne, mais cela reste à vérifier formellement."

Il faut durcir à nouveau les mesures en France, d'après vous ?

"Indépendamment du variant, le virus circule effectivement de façon inquiétante depuis début décembre, la transmission est en ce moment très active en France, alors oui, il va falloir durcir les mesures, ça me parait une évidence. On travaille, les enfants vont à l'école, les commerces sont ouverts, ça circule trop. Il faut appuyer sur le frein.... comme le font les Anglais."