Tester les eaux usées pourrait alerter sur un rebond de l’épidémie, selon une étude menée à Paris

Aux toilettes, les personnes infectées excrètent du virus dans leurs selles. Ainsi, il se retrouve dans les eaux usées qui arrivent dans les stations d’épuration où elles sont traitées, puis rejetées dans la nature (et non pas réinjectées dans le réseau d’eau potable, contrairement à une idée reçue). En Île-de-France, des échantillons ont été collectés dans cinq usines autour de Paris, toutes les semaines depuis début mars. Et les chercheurs ont trouvé dans ces prélèvements la présence du génome du Sars-CoV-2, c’est-à-dire sa carte d’identité génétique. Selon eux, le suivi de la charge virale dans les eaux usées a permis de suivre toutes les phases de l’épidémie jusqu'à présent dans la capitale. 

"Avant même qu’on ait diagnostiqué 100 cas en Île-de-France, on avait déjà des traces de virus dans les eaux usées, ce qui nous permettait de savoir que l’épidémie avait commencé", explique Laurent Moulin, en charge de la recherche et développement à Eau de Paris, et co-auteur de l’étude menée, en collaboration avec trois équipes de Sorbonne Université (Jean-Marie Mouchel, Yvon Maday, Vincent Marechal) le Siaap et l’Irba (Rémy Teyssou).  

"Plus l’épidémie avançait, plus on avait de traces de génome dans les eaux usées. À partir du moment où il y a eu le confinement, au bout d’une semaine, on a commencé à voir cette charge virale se réduire. Aujourd’hui, nous sommes en phase descendante", poursuit M. Moulin, docteur en microbiologie. 

Détecter un éventuel redémarrage de l’épidémie

Au début de l’épidémie, les chercheurs ont mesuré une dizaine de milliers d’unités de génome par litre d’eau usée. Cette quantité a été multipliée par 100 pour arriver au million d’unités, au plus fort de la crise sanitaire. Aujourd’hui, le niveau retombe, il est dix fois inférieur par rapport au sommet du pic, comme l'indique cette courbe. 

Cette méthode de suivi du démarrage de l’épidémie et de la circulation du coronavirus permet de donner l’alerte en amont, avant l’apparition de symptômes cliniques chez les personnes infectées, poursuit Laurent Moulin : "C'est un indicateur très sensible dès le début. Avant même un afflux vers l’hôpital, on a déjà des traces de génome dans les eaux usées. Cet outil nous permet de dire très précocement que l’épidémie démarre. Et peut-être de dire, dans le futur, si elle redémarre." 

Dans le cas d’une hypothétique seconde vague, la surveillance des eaux usées pourrait contribuer à alerter les autorités et préparer les capacités d’accueil hospitalières.  D’autant que, d’après les auteurs de cette étude, cet indicateur permet de garder un temps d’avance sur l’épidémie, même si l’on considère qu’il faut entre quelques heures et trois jours pour que les eaux usées fassent le trajet entre les toilettes des particuliers et les stations d’épuration où les échantillons sont prélevés pour analyse.

Un système qui comptabilise même les porteurs silencieux

Les tests réalisés sur les eaux usées présentent aussi l’intérêt de prendre en compte dans le suivi épidémiologique, de manière anonyme, les personnes qui ne développent pas de symptômes et dont la proportion exacte fait débat dans la communauté scientifique.   

"C’est de plus en plus clair qu’il y a un nombre important de gens qui n’auront pas de symptômes de cette maladie", estime Laurent Moulin. "Comme ils ne vont pas chez le médecin, on ne peut pas les compter. Avec cette méthode, on compte tout le monde." Un comptage peu coûteux et peu intrusif qui viendrait compléter et non se substituer aux autres tests individuels (PCR et sérologiques). 

Aujourd’hui, la détection du SARS-Cov-2 dans les eaux usées des stations d’épuration n’est pas un indicateur officiel utilisé par les autorités sanitaires en France. Relayée dans la presse francophone ou anglo-saxonne l'étude de Eau de Paris, "n’a pas encore été relue par les pairs" ; elle est soumise à une grande revue scientifique. 

Des recherches similaires sont menées dans plusieurs autres laboratoires aux États-Unis, en Suisse ou aux Pays-Bas. Ces chercheurs sont persuadés qu’un système de surveillance des eaux usées et donc par extension, de nos intestins, pourraient nous en apprendre beaucoup sur cette pandémie, et d’autres maladies infectieuses.