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Élève de l'École normale d'instituteurs de Rennes (1971-1972), il participe au lancement de l'agence de presse Libération (APL), puis il quitte l'école pour participer à la création du journal quotidien Libération .
Il a été successivement envoyé spécial et journaliste au service politique de Libération, puis rédacteur en chef adjoint à partir de 1991. Il quitte le journal en 1996 pour entrer au Point, où il traite des questions de défense et des nouvelles technologies.
Spécialiste des questions militaires et de renseignement, Jean Guisnel a été auditeur de l'Institut des hautes études de la défense nationale, et professeur associé à l’École spéciale militaire de Saint-Cyr de 1999 à 2005 (chargé du cours de l'histoire de la presse). Il est également membre du jury du Prix littéraire de l'armée de terre - Erwan Bergot.